1997年，为了保证'99世界园艺博览会的航空运输需要，促进云南对外开放和社会经济的发展，云南省委、省政府和国家民航总局共同作出扩建昆明机场工程的决定，并经国家计委计交所（1997）489号文件批准立项，列为云南省“九五”重点建设项目。1997年4月1日，昆明机场扩建工程开工，总投资9.9822亿元，其中资本金6.4822亿元（云南省人民政府投资4.9875亿元，民航总局安排专项资金1.4947亿元），申请国家开发银行贷款3.5亿元（云南省人民政府２亿元，民航总局1.5亿元）。1999年2月28日扩建工程按计划工期竣工并开始启用。昆明机场扩建工程完成新航站楼总面积7.5万平方米，登机桥总数12个，货运仓库面积达10200平方米，站坪和停机坪面积达25万平方米，停车场面积7万平方米，年旅客吞吐能力已达700万人次，新航站楼布局合理、标志清晰、功能齐全，使旅客感到更加舒适便捷。
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